NBGI预定将于2011年3月3日推出《数码宝贝故事：超组合战争 蓝版/红版》双版本游戏，这次“数码宝贝故事”系列第二款登陆NDS平台的作品，将以2010年7月起开播的动画《数码宝贝 组合战争》（デジモンクロスウォーズ）作为基础，发展DS游戏版特有的原创故事内容。同时推出的这次红版、蓝版两作有着各种各样不同的区别点，首先一点自然是游戏中登场的数码兽的不同，两个版本预计会有350种数码兽的登场，而不同版本会存在其特有的数码兽；其次是游戏中玩家的敌对势力的不同，玩家在游戏中的支线故事也会产生区别。

　　合成数码宝贝，强化能力的“数码实验室”

　　主人公工藤大器他们所处的基地存在着一个被称为“数码实验室”的数码怪兽养育的设施，这个设施具有4大功能，玩家可以在这里将数码怪兽实体化，将数码怪兽合体强化等，而另外一方面，还有更为强大的功能等待玩家的尝试。

　　数码融合

　　将符合条件的数码兽进行合体诞生全新的数码兽出来，这个情况下，合体所需的数码兽和诞生出来的数码兽都是固定数目。