故事叙述王子回到了故乡，并前往巴比伦找寻爱人凯莲娜，却发现祖国已受到战火蹂躏，而且整个王国都将他当成敌人，王子因而被捕。凯莲娜为了拯救王子，于是牺牲自己来解放时之砂，帮助王子脱困。逃亡中的王子发现过往的战斗让他内心的黑暗分身苏醒，其灵魂并逐渐的支配了自己的身心……游戏中将提供光明面与黑暗面两种不同人格的王子让玩家操作，这两种人格将有不同的操作方式与攻击招式，玩家将可穿梭在整个巴比伦的街道、屋顶甚至地下水道之中，施展新的时之砂力量，以灵巧的身手、隐密的行动与自由的战斗方式，依照自己喜好的方式将敌人一一解决。