第一章的主线剧情攻略...不包括支线

"有一点却是可以肯定的:即使是优越如他们,也无法预知自己的未来,更不知道这种力量所能带来的惊人速度。”
------杰拉德·罗伯尼克《第四文明》


故事发生在Sonic,Amy,Tails,Knuckles四人又一次击败了蛋头博士还顺带把他的老家炸成废铁以后，Sonic又开始了环球旅行。不过好景总是不长，这天Sonic正在一路狂奔，却收到了Tails的呼叫。Tails带来了坏消息，Knuckles被一群叫做“掠夺者”的组织所绑架。Sonic只好连忙赶回Green Hill Zone。

第一章 Hostile Reception 鸿门宴

来到Green Hill Zone，Sonic再次接到了Tails的呼叫，让他快点到自己位于Central City的工作室去。这里主要学习对话树系统，有Sonic图标的选项将直接开始行动，问号则代表可以询问更多的消息。拇指向上是赞同，向下是拒绝，感叹号是抒发一下感想，眨眼睛是恶搞……和Tails说完话开始冒险，多多收集rings吧，当到达某个障碍物面前的时候，会出现提示动作的按钮，点击就可以执行动作了。不同的人物有不同的动作，称作移动技能，会随着等级提升，可以用这些技能来寻找隐藏要素。前面有个欧吉桑要Sonic帮他砍柴（……），这是支线任务，奖励是一块小糖糖~右上角还可以拿到第一个Chao蛋（土属性防御），Chao过一会儿就会孵化，到装备栏绑定它吧。
接着乘小船来到岛的另一端，却迎面撞上了一只愤怒的犰狳（我敢说这是一个彩蛋，那只犰狳肯定是当初没有被选上SEGA吉祥物来寻仇了……）。战斗开始。
战斗是回合制的，刚开始很简单。注意下屏幕左下方两个按钮，右边一个是重新开始该队员这回合动作，左边是重新开始整个回合。一路Attack把那个犰狳敲掉，Tails说小山的动物都变得有些奇怪，让Sonic多加小心。继续向前，突然左边悬崖上的一个掠夺者将一堆箱子掀到Sonic面前，挡住了去路。Sonic正在纳闷，Amy出现了！她将所有的箱子敲碎。然后“高兴地”跑来告诉Sonic：自己已经有了一个叫Dexter的新男友了！不过Sonic稍加追问，Amy就把她那“贴心的新男友”描述得自相矛盾了……Tails打电话来告诉Sonic如何使用对话树，于是你可以选择恶搞一下问问Tails最喜欢什么颜色。答案自然是：无可奉告！
Amy加入小组以后，刚走几步，两人就遇到了一个奇怪的机器人，两人合作打起来很容易，这里学习的是追击系统，其实关键就是不要撞到障碍物（而且那个机器人是无论如何也跑不掉的……）。击败机器人后，接着就可以在地图上开始冒险了，建议多练几级。来到地图底端，见到了一个拦路的掠夺者，他建议Sonic有点把握再来挑战，Tails则建议Sonic先存档。准备好了以后和那个家伙下战书吧，注意使用POW Moves。POW Moves就是所谓的绝招，发动需要耗费PP，POW Moves发动的时候，玩家需要根据系统提示用触控笔在屏幕上作不同的动作，否则攻击会失败。击败他后，那个家伙藉着传送器逃走了，前面露出了通往Central City的道路。
来到城里，一路直奔Tails的工作室。工作室是一个作战总部，在这里可以恢复体力，还可以选择队员。和Tails对话，他解释了事情的来龙去脉，说七颗混沌翡翠被偷掉了六颗，Knucles在全力争斗的过程中被击倒了。Tails建议去找GUN，毕竟只有他们才能提供更多帮助。
离开工作室的时候，众人突然听到了奇怪的响动，出来一看才发现是Eggman的机器人。虽然不知道为什么会出现在这里，众人还是决定给予迎头痛击。这一仗较难，因为Tails实在是没有什么战斗力，这里只有多用POW Moves才可以取胜。好容易击败他们后，三人往下来到了GUN总部大门口，（去之前可以回到Green Hill Zone用Tails的能力找隐藏地点）不想撞见了Rouge。Rouge还是不忘把几个人嘲讽一番，不过听说了众人的麻烦，她说GUN也在调查翡翠的事情，于是把三人带去面见GUN指挥官。指挥官说他们现在正在全力调查掠夺者的背景资料以及翡翠的踪迹，而且连Chaotix也自愿跑来协助了。Sonic见到Vector有点不大爽，Vector则说自己找到了Eggman的几个藏身地。Knuckles肯定有充足的线索，于是指挥官干脆扔了张地图给众人让他们去找Knuckles。Sonic必须根据地图搜查Eggman的藏身处，来找到Knuckles的所在。