《东京鬼祓师 鸦乃社学院奇谭》讲述的是在一个充满想象力的传奇物语风格的世界中的某所学园中的年轻人们的故事。游戏将冒险要素和RPG巧妙地结合到了一起，在游戏中有着重要地位的就是被称为“咒言花札”的一种卡片。这种卡片有着将生物变成“隐人”，并将接近的人排除的能力。主人公所在的“日本OXAS（国立国会图书馆收集部特务课）”就是由以收回咒言花札为目的的“封札师”们所组成的组织。主人公由于组织接到了隐人的目击报告才以转校生的身份进入了鸦乃杜学园。

游戏分为在鸦乃社学院内发展故事的剧情部分和在3D迷宫中进行探索并与隐人交战的战斗部分组成。

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