为了能够穿越时空在未来、过去和现在中进行穿梭，玩家将会使用能够操纵时间的装置“时空齿轮”来发展故事。在游戏中，时空齿轮可以通过在战斗中打倒敌人、受到攻击等方式蓄积“时空齿轮点数”，玩家使用这些点数就能够使用“剧本同步系统”SSS系统，当玩家在一定的点数要求达到时，就会出现新的剧情分支，根据玩家所选的分支，故事发展及玩家的报酬也会有很大变化。同时，时空齿轮还可以在战斗中进行使用。

　　本作游戏取消了级别成长的系统，转而继续保留《沙迦2 秘宝传说》中的基础成长系统，及怪物种族的吃肉系统等，令游戏的成长别有风味。游戏的成长是通过战斗中提升基础的数值资料，学会新的技能，当玩家经常使用某一个武器，角色成长也将会随种族的不同而产生变化，可随意进行培养。