在游戏中的基础故事模式中，玩家将要扮演乱太郎、雾丸和新兵卫3个大活宝来展开学年对抗战，整个模式包括尽量得高分的“单人高分挑战模式”、还有完成忍者教师所给予的问题“问题挑战模式”等部分，在这些游戏模式里完成游戏的话，还可以获得各种改造的道具来进行设计的“设计模式”。

　　游戏的主要游戏模式中，玩家要在横6×竖12格的空间内进行方块消去的游戏，游戏规则虽然也需要凑集颜色相同的方块才会消去，但是玩家还需要利用“火焰方块”来把其他的方块消去，同时火焰方块也并不会立刻消去方块，而是有一定的时间间隔，这样一来对于连锁战略的要求有所降低，令游戏战略对抗的乐趣提升。

　　在消去游戏中，还会出现各种道具来辅助，例如四方向所有相同颜色方块消去的“四方手里剑”或者是“6方手里剑”等等将可以辅助消去方块。