自《塞尔达传说：灵魂轨迹》公布以来，部分玩家就对《灵魂轨迹》中的主要移动工具火车在地图中的探索自由度表示怀疑。因为前作《塞尔达传说：幻影沙漏》中玩家使用的是海上移动工具轮船，主要的探险地也是海洋岛屿，船可以在汪洋上自由移动。而玩家所担心的正是火车如何在大陆上自由移动。

　　对此，北美任天堂的Kit Ellis表示：玩家大可不必担心《灵魂轨迹》的探索自由度问题，尽管游戏中的火车需要依靠铁轨来移动，但并不是单纯的从A点移动到B点。随着冒险的进程，玩家可以对火车进行升级改造，在探索到越来越多的场景同时还能由玩家自己来建造铁轨在地图上进行探索。