Level5策划开展的以足球题材为主题的热血RPG游戏《闪电十一人》系列在NDS上推出的新作品《闪电十一人2：威胁的侵略者》将会以一种崭新的故事出现在玩家的眼前，继过去为大家介绍的对应剧情后，目前官方又公开了最新的与宇宙人展开的热血足球之战的剧情。

　　为了对抗突如其来的宇宙人学园，元守堂展开了结集最强的“十一人”之旅。在首相的女儿“财前塔子”加入后，他们即将面对外星人学园中“双子风暴”的挑战。而就在这场比赛后，他们就收到了豪炎寺不再进行比赛的通知。这一消息如同震雷一般惊动了整个球队，为了能够找到改变豪炎寺的前锋，大家一起前往了北海道，吹雪士郎的住处。

　　在第三次和外星人学园的“双子风暴”进行对战后，更强大的“Ε”（希腊字母，读为epsilon）战队也出现了。和双子风暴苦战的雷门十一人足球队在加入了吹雪士郎后，他们是否能够打败艾普希隆呢？