《出击！飞行骑士》讲述的是这样一个故事：一天，从世界各地落下陨石，大量未确认的生命体，并在世界各地建造神秘的塔。未确认的生命体的正体就是银河里极恶的“バブールス”。如果放任他们不管，神秘的塔就会把星球的资源吸干，那个星球将会变成1000年也不会生长出草的死亡状态。
地球有危机了，但是，来自银河的警察“マル”在追赶他们的时候受伤了，偶然抢救了“マル”的两个地球人被托付了拯救地球的责任。运用银河警察的秘密武器“飞行骑士”，就可以获得超人的能力。故事就是从这里开始了。
