《索尼克编年史：暗黑兄弟会》的主线剧情讲索尼克在打败了蛋头博士两年之后的一次休假中接到泰尔斯的电话，说纳克里斯被一伙叫做“掠夺者”的组织绑架了，6个查欧翡翠也丢失了。

游戏将和《塞尔达传说 梦幻沙漏》一样采用完全触控笔操作的方式进行。游戏将不是采用踩地雷的方式，所有敌人都是地图上可见的，并将以回合制指令的形式展开。