操作很简单，全部控制只需要一支触笔。

　　上屏是角色显示，包括名字，等级和生命值；大地图中则是显示世界地图；强度选项里则是显示所选物品的信息。

　　下屏则是游戏主屏，地图行走、选择菜单以及战斗都要靠触笔。在大地图中，点击即可到达目的地，而不是像前作那样能够随心所欲地乱跑（不过为何中途会偶尔遇敌呢？）。城镇等小型区域，下屏左上方是目录，点击后出现的菜单由上到下分别是道具、装备、特技、强度、赏金首资料、（战车）乘降、系统帮助。

　　道具分为使用道具（总携带数上限不知...）、装备道具和食料道具；其中，使用道具是回复药或攻击道具等一次性的道具，装备道具则是未装备或替换下来的装备，食料道具则是在游戏中收集到的一些食物原料，可以制成使用道具。

　　装备栏里，角色可以装备三种武器，防具则分为头、身、手、脚四项。武器则详细的分为攻击力、攻击范围和攻击属性，攻击力直接影响对敌伤害值；攻击范围则在战斗中体现，如敌一体则表示只能攻击一个敌人，而贯通则表示能进行穿透攻击；攻击属性，类似属性相克，比如植物等生物类怕火，机械类怕电气，等等。

　　特技，顾名思义，就是角色的特有技能。比如主角的“高速射击”，就是在战斗时，驾驶战车使用能够增加攻击次数，等等。特技一般来说是靠主角升级而学到的。

　　强度，查看角色的等级、HP、战斗、修理、驾驶、总经验值、升级所需经验值、攻击、防御、力量、体力、知识、速度等各个属性数据。另外，从MM2出现的“称号”系统在本作也出现，在强度的等级栏上方红色区域，则是主角获得的称号。

　　赏金首资料，从勇士事物所能够打探赏金首的资料并记录其名字以及赏金数。

　　（战车）乘降，控制主角乘/降战车，一般来说，用触笔可以更加轻松的控制，故此选项很少使用。

　　系统帮助，内有“快速存档”和“消息显示速度调节”两个选项。

　　战斗

　　在有战车时，从上到下分别是攻击、乘降、特技、道具、炮弹、逃跑
　　无战车时，从上到下分别是攻击、乘降、特技、道具、防御、逃跑

　　另外，右上角是选择攻击武器，可以直接做攻击指令使用